i2b2

i2b2 è un repository che permette ai ricercatori di un istituto di analizzare i dati clinici provenienti sia dai flussi informativi ospedalieri sia dai database raccolti a fini di ricerca.

L’intero servizio si baserà sull’utilizzo di un programma software open-source sviluppato presso il centro di ricerca statunitense “i2b2” (Informatics for Integrating Biology and the Bedside) e finanziato dal National Institute of Health (NIH). Il software sviluppato dal centro, denominato anch’esso i2b2, è una soluzione open-source che permette di realizzare sistemi di data-warehouse orientati all’integrazione di dati clinici e di ricerca e alla loro analisi congiunta.
Ad oggi lo sviluppo e il mantenimento della piattaforma è supportata da un’ampia comunità accademica di sviluppo; inoltre i2b2 viene utilizzato da centinaia di cliniche attive nell’ambito della ricerca per gestire i dati di oltre 250 milioni di pazienti.

Il team di BIOMERIS ha collaborato a diverse installazioni di i2b2 per svariati ambiti clinici in tutta Europa (Progetti i2b2).

BIOMERIS è ad oggi l’unica azienda a livello nazionale specializzata nel supporto all’installazione del software i2b2. BIOMERIS ha da tempo siglato un accordo con la fondazione i2b2 che ne attesta la specializzazione nei servizi di supporto all’installazione di i2b2 nelle strutture cliniche europee (https://www.i2b2.org/work/industry.html).

Come dimostrato dalla quantità di pubblicazioni scientifiche supportate dall’utilizzo di i2b2 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=i2b2) e da un recente lavoro di analisi sull’esperienza al Georges Pompidou University Hospital di Parigi (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28495345), i2b2 è uno strumento fondamentale per il supporto all’attività di ricerca clinica permettendo di risparmiare tempi (e costi) per il recupero e la gestione dei dati.

Il prodotto offerto permette di facilitare lo scambio di informazioni tra clinica e ricerca.
Il ciclo delle informazioni è infatti spesso separato:

  • da una parte i risultati dei trial clinici impattano sulla pratica clinica;
  • dall’altra sui dati generati dagli esperimenti vengono effettuate analisi ottenendo i risultati della ricerca.

Il sistema offerto permette

  • sia di agevolare il test dei risultati della ricerca attraverso trial clinici;
  • sia di usufruire dei dati generati dalla pratica clinica anche a fini di ricerca.
  • Integrazione di dati provenienti da sorgenti differenti
    Biomeris supporta l’intera fase di aggregazione dei dati provenienti da sorgenti differenti.
    Biomeris mette a disposizione la propria competenza nell’ambito della prototipazione ed implementazione di funzionalità avanzate di ETL, acronimo di Extract, Trasform and Load, operazioni essenziali in fase di integrazione di informazioni all’interno di un data warehouse. Tali funzionalità permettono di ottimizzare la fase di integrazione delle informazioni automatizzando il processo di popolamento del data warehouse e consentono un costante e sicuro aggiornamento dell’intero sistema.

  • Interrogazione dei dati semplice ed immediata
    Interrogazione

    Il sistema offerto permette all’utente di interrogare in modo autonomo il data-warehouse grazie ad un’interfaccia grafica semplice ed intuitiva.
    La fase di interrogazione è facilitata infatti dall’utilizzo di un’ontologia di concetti che mappano le informazioni relative ai pazienti disponibili nel data-warehouse. Per ogni progetto che il sistema andrà a gestire, viene definita un’ontologia che permetta all’utente di selezionare i pazienti d’interesse componendo regole anche complesse basate su tali concetti.


  • Analisi veloci ed accurate tramite i tool integratiIl sistema permette all’utente di effettuare operazioni di controllo, reportistica e analisi dei dati relativi ai pazienti selezionati utilizzando dei tool di analisi (“plugin”) disponibili all’interno del sistema offerto.
    Tra i plugin a disposizione per analisi generiche:

    InterrogazioneSummary-Stats: per visualizzare come una variabile è distribute nel patient set selezionato
    InterrogazioneCorrelation/Association: per testare un’ipotesi di correlazione/associazione di due variabili nel patient set selezionato
    KM-Stats: per stimare la curva di sopravvivenza associata ad un evento nel patient set selezionato
    Export: per ottenere un export in .xls delle variabili di interesse per il patient set selezionato

    Inoltre il sistema può essere configurato in base alle esigenze dell’utente aggiungendo tool di analisi personalizzati. In particolare l’integrazione nell’architettura software della suite R e Weka permette di sviluppare tool per specifiche analisi statistiche e di data mining.

Tutorial