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i2b2-Onco, Text Mining in ASST Papa Giovanni XXIII

i2b2-onco-pg23

 

Stato del progetto: Corrente

Centro coordinatore: ASST Papa Giovanni XXIII, Bergamo, IT

Ambito: Oncologia

Data inizio: 1 settembre 2016

Piattaforma: i2b2

 

Dal 2017 è attivo il progetto “verticale” specifico per il dipartimento di Oncologia all’interno del sistema i2b2 dell’ASST Papa Giovanni XXIII. Il progetto contiene i dati integrati nel progetto orizzontale aziendale ma limitati ai pazienti con diagnosi oncologica, in particolare:

  • la cartella clinica oncologia
  • il flusso SDO dei pazienti dimessi
  • le terapie farmacologiche somministrate e consegnate
  • i dati di accettazione alle prestazioni ambulatoriali
  • gli esiti dei dati di laboratorio chimica clinica e di microbiologia
  • i referti di anatomia patologica.

In aggiunta il progetto include le informazioni estratte dai referti di anatomia patologia relativi a pazienti con tumore al seno tramite un algoritmo di Text-Mining. L’algoritmo utilizza tecniche di NLP (Natural Language Processing) che sfrutta un’ontologia riferita al cancro della mammella. L’ontologia è stata definita in base ad un’ontologia di riferimento (PATHLEX) e alle informazioni specifiche da estrarre. In fase di validazione l’algoritmo ha superato il 90% di precisione. La procedura è stato quindi applicato a tutti i referti di tumore al seno (circa 20 mila referti).
Il progetto integra inoltre studi clinici specifici eseguiti con dati di pazienti afferenti all’istituto, in particolare lo strumento risulta molto efficiente per raccogliere dati per studi di RWE (Real-World Evidence).

Riferimenti:

  • Viani N, Chiudinelli L, Tasca C, Zambelli A, Bucalo M, Ghirardi A, Barbarini N, Sfreddo E, Sacchi L, Tondini C, Bellazzi R. Automatic Processing of Anatomic Pathology Reports in the Italian Language to Enhance the Reuse of Clinical Data. Stud Health Technol Inform. 2018;247:715-719. PMID: 29678054Viani N, Chiudinelli L, Tasca C, Zambelli A, Bucalo M, Ghirardi A, Barbarini N, Sfreddo E, Sacchi L, Tondini C, Bellazzi R. Automatic Processing of Anatomic Pathology Reports in the Italian Language to Enhance the Reuse of Clinical Data. Stud Health Technol Inform. 2018;247:715-719. PMID: 29678054 (link, pdf).
  • Zambelli A, Ghirardi A, Masciulli A, Sfreddo E, Porcino R, Bucalo M, Barbarini N, Chiudinelli L, Chirco A, Labianca A, Barbui T, Tondini C. Ten-years electronic phenotyping archive and automated reconstruction of her2+ breast cancer patients careflow, through the exportable, open-source i2b2 data ware-housing platform. XX Congresso Nazionale AIOM 2018. (pdf)
  • Chiudinelli L, Viani N, Zambelli A, Gabetta M, Bucalo M, Ghirardi A, Sfreddo E, Sacchi L, Tondini C, Bellazzi R. i2b2 Ontology Curation leveraging clinical notes. NETTAB 2018. (pdf)
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i2b2 in ASST Papa Giovanni XXIII (Bergamo)

 

Stato del progetto: Corrente

Centro coordinatore: ASST Papa Giovanni XXIII, Bergamo, IT

Ambito: Clinica

Data inizio: 1 settembre 2016

Piattaforma: i2b2

 

Dal 2016, l’ASST Papa Giovanni XXIII ha attivato un accordo di collaborazione scientifica sottoscritto con FROM (Fondazione per la Ricerca Ospedale Maggiore di Bergamo), Università degli Studi di Pavia e BIOMERIS finalizzato all’implementazione e manutenzione di un sistema i2b2 di supporto all’attività di ricerca clinica dell’istituto.

Il sistema i2b2 implementato consente ai ricercatori di ottenere informazioni di sintesi in risposta a loro specifici quesiti epidemiologici e scientifici; con questo strumento viene valorizzata l’opportunità di incrociare informazioni relative ai pazienti dell’istituto e provenienti da fonti molteplici che possono essere sia i flussi informativi ospedalieri, sia flussi provenienti da database esterni eventualmente resi disponibili da soggetti terzi coinvolti nella condivisione degli obiettivi di ricerca.

Il progetto i2b2 “orizzontale” implementato contiene i dati clinici pseudonimizzati provenienti dai diversi database:

– SDO dei pazienti dimessi
– terapie farmacologiche
– dati di accettazione alle prestazioni ambulatoriali
– esiti degli esami di laboratorio di chimica clinica
– referti di anatomia patologica.

I dati integrati coprono un arco temporale di circa 15 anni e consistono in circa 1 milione di pazienti, 15 milioni di eventi (visite/ricoveri) e 200 milioni di osservazioni.

Il sistema si configura come valido strumento di analisi aggregata dei dati ai fini di valutare complessivamente l’andamento di specifici quadri clinici di patologia e di supportare l’orientamento di sviluppo dei progetti di ricerca; lo strumento consente anche di ottenere indicazioni quantitative sulla numerosità di casistiche selezionate valutandone l’adeguatezza per rispondere ai quesiti posti o il dimensionamento potenziale per la partecipazione a studi multicentrici. Inoltre il sistema risulta rispondere alla necessità di ottenere informazioni rilevanti di tipo epidemiologico dai diversi software aziendali a fronte di un grande lavoro di partecipazione ad alimentarne i contenuti.

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