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ICS Maugeri – i2b2 Oncologia

Stato del progetto: Concluso

Centro coordinatore: IRCCS ICS Maugeri, Pavia (IT)

Ambito: Oncologia

Finanziamento: Regione Lombardia

Data inizio: 01 Gennaio 2010

Piattaforma: i2b2

 

ONCO-i2b2 è un progetto di ricerca dell’Università di Pavia e dell’IRCCS ICS Maugeri di Pavia per supportare la ricerca clinica in oncologia. ONCO-i2b2, finanziato da Regione Lombardia, adotta il software i2b2. Utilizzando i2b2 e nuovi moduli software progettati appositamente durante il progetto, sono stati integrati dati provenienti da più fonti per permettere di interrogarli in modo incrociato. Il nucleo del processo di integrazione sta nel recupero e fusione di dati dal software di gestione della biobanca e dal sistema informativo ospedaliero di ICS. Il processo di integrazione si basa su una ontologia del dominio oncologico e su moduli di integrazione software open-source. È stato implementato anche un modulo di Text-Mining/NLP (Natural Language Processing). Questo modulo estrae automaticamente le informazioni cliniche dei pazienti oncologici dai referti non strutturati provenienti da Anatomia Patologia. Il sistema gestisce più di duemila pazienti.

Riferimenti:

Segagni D, Tibollo V, Dagliati A, Zambelli A, Priori SG, Bellazzi R (2012) An ICT infrastructure to integrate clinical and molecular data in oncology research. BMC Bioinformatics 13(Suppl 4): S5. (link, pdf)

Segagni D, Tibollo V, Dagliati A, Malovini A, Zambelli A, Napolitano C, Priori SG, Bellazzi R. Clinical and research data integration: the i2b2-FSM experience. AMIA Jt Summits Transl Sci Proc. 2013 Mar 18;2013:239-40. eCollection 2013. (link)

Segagni D, Tibollo V, Dagliati A, Perinati L, Zambelli A, Priori S, Bellazzi R. The ONCO-I2b2 project: integrating biobank information and clinical data to support translational research in oncology. Stud Health Technol Inform. 2011;169:887-91. (link, pdf)

Segagni D, Gabetta M, Tibollo V, Zambelli A, Priori SG, Bellazzi R. ONCO-i2b2: Improve patients selection through case-based information retrieval techniques. 8th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, DILS 2012 (link)

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ICS Maugeri – i2b2 Cardiologia Molecolare

 

Stato del progetto: Concluso

Centro coordinatore: IRCCS ICS Maugeri, Pavia (IT)

Ambito: Cardiologia

Data inizio: 01 Gennaio 2011

Piattaforma: i2b2

 

 

Il progetto CARDIO-i2b2 ha l’obiettivo di personalizzare la piattaforma bioinformatica i2b2 per integrare dati clinici e di ricerca al fine di supportare la ricerca traslazionale in cardiologia in FSM (Fondazione Salvatore Maugeri). CARDIO-i2b2 raccoglie i dati provenienti dai database del Laboratorio di Cardiologia Molecolare e li unisce ai dati clinici del sistema TRIAD, un sistema informativo per raccogliere i dati relativi a patologie aritmogeniche. Sono raccolte anche le informazioni genetiche relative ai pazienti affetti.

I dati contenuti nel database relazionale TRIAD sono stati esportati nel data warehouse i2b2. Un’apposita estensione di i2b2 è stata sviluppata per includere il software statico R all’interno dell’architettura e sfruttare le funzionalità statistiche di R tramite l’interfaccia web i2b2. Per consentire ai ricercatori di eseguire dinamicamente l’analisi di sopravvivenza di Kaplan-Meier su pazienti selezionati è stato sviluppato un plugin apposito (Figura 1).

Riferimenti:
Segagni D, Tibollo V, Dagliati A, Napolitano C, G Priori S, Bellazzi R. (2012) CARDIO-i2b2: integrating arrhythmogenic disease data in i2b2. Stud Health Technol Inform.180:1126-8. (link, pdf)

Segagni D, Tibollo V, Dagliati A, Malovini A, Zambelli A, Napolitano C, Priori SG, Bellazzi R. Clinical and research data integration: the i2b2-FSM experience. AMIA Jt Summits Transl Sci Proc. 2013 Mar 18;2013:239-40. eCollection 2013. (link)

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